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Crise sanitaire et entreprise : gestion, obligations du dirigeant

Page mise à jour le 11/08/2025

Comment gérer une crise sanitaire en entreprise ?

Si la crise sanitaire de la Covid-19 a mis à l’épreuve les entreprises, elle les a aussi encouragées à s’adapter en modifiant l’organisation du travail, à améliorer leur attractivité et à renforcer leur résilience. Passage en revue des bonnes pratiques à retenir du passé pour envisager sereinement l’avenir.

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Au sommaire de cet article

Qu’est-ce qu’une crise sanitaire ?
Comment une crise sanitaire impacte-t-elle les entreprises ?
Quels enseignements tirer de la crise sanitaire de la Covid-19 ?

Qu’est-ce qu’une crise sanitaire ?

Une crise sanitaire se caractérise par l’apparition soudaine ou prolongée d’une menace pour la santé collective. Elle peut être causée par une épidémie, une pandémie, une intoxication alimentaire, une exposition à des polluants dangereux... et toucher seulement une zone géographique, comme le monde entier. Elle a des répercussions majeures sur la santé des populations, sur les services de santé, mais aussi sur l’économie, et donc les entreprises.

La France a traversé plusieurs crises sanitaires majeures : le scandale du sang contaminé, les hormones de croissance, la maladie de la vache folle, l’amiante, la canicule de 2003 ou encore la grippe A-H1N1. Mais la pandémie mondiale de Covid-19 en 2020 a marqué un tournant, par l’ampleur inédite des risques qu’elle a engendrés. C’est également la première fois qu’un état d’urgence sanitaire est déclaré par le gouvernement, permettant la mise en place de mesures exceptionnelles pour protéger la population, en particulier les personnes vulnérables, et soutenir l’économie nationale.

Comment une crise sanitaire impacte-t-elle les entreprises ?

Comme l’a montré la pandémie de Covid-19, une crise sanitaire peut paralyser l’économie nationale, et même mondiale. En France, le premier confinement, en mars 2020, a entraîné un recul historique de l’activité⁽¹⁾. Certains établissements dans les secteurs de l’hôtellerie-restauration, de la culture ou de la nuit, contraints de rester fermés même après le déconfinement, ont été particulièrement touchés pendant cette période. D’autres ont rencontré des difficultés d’approvisionnement et ont dû faire face à une baisse de la demande. L’année 2020 a également été marquée par la destruction de 261 000 emplois par rapport à fin 2019⁽²⁾. Un fait inédit depuis la crise économique de 2008-2009.

Malgré les contraintes imposées par la crise sanitaire, de nombreuses entreprises ont su faire preuve d’agilité et d’innovation en adaptant leur offre : les restaurants ont développé la vente à emporter, tandis que les commerçants de proximité ont mis en place des services de click and collect. Autant d’initiatives qui illustrent la capacité de résilience du tissu économique face à l’imprévu.

La crise sanitaire a également réinventé l’organisation du travail, afin de concilier maintien de l’activité et souplesse quant aux situations personnelles de chacun, pendant et après les confinements. Le télétravail s’est généralisé (et parfois pérennisé dans certaines sociétés), des modèles hybrides ont émergé (coworking, travail hors domicile…), et les outils numériques ont pris de plus en plus de place dans le quotidien (visioconférences, plateformes collaboratives, digitalisation des formation…).

La crise sanitaire de la Covid-19 en quelques chiffres⁽¹⁾

Pendant le premier confinement, au printemps 2020 :

73 % des entreprises ont subi une baisse des ventes de plus de 10 % et 35 % une baisse supérieure à 50 % ;
1/3 des entreprises ont fermé durant 57 jours en moyenne : en cause, les restrictions administratives le plus souvent (65%), mais aussi des problèmes d’approvisionnement (8 %) ou de demande (7 %) ;
Plus de 4 entreprises sur 5 ont fait appel aux aides de l’État (chômage partiel, report des échéances sociales, prêt garanti par l’État…) ;
En revanche, 40 % des sociétés ont pu rester ouvertes grâce au télétravail.

Quels enseignements tirer de la crise sanitaire de la Covid-19 ?

En tant qu’employeur, vous êtes tenu d’assurer la sécurité de vos salariés, notamment en cas de crise sanitaire. La pandémie de 2020 a mis en lumière plusieurs bonnes pratiques à reconduire.

La mise en place d’un protocole sanitaire

Indispensable pour garantir la protection de vos collaborateurs, ce document liste toutes les mesures à mettre en place, dans l’optique d’évaluer et de maîtriser les risques d’exposition au risque sanitaire. Selon les possibilités de votre entreprise, vous pouvez notamment :

Définir les moyens de protection à disposition des salariés (masques, blouses, gels hydroalcooliques…), les endroits où les trouver (idéalement, dans l’entrée de l’entreprise ou dans les zones de passage), et l’obligation éventuelle de les porter ;
Désigner un référent « crise sanitaire » au sein de chaque équipe ;
Définir une jauge maximale de personnes présentes simultanément au sein d’une même pièce (sur une base de 4 m² par personne par exemple) ;
Prévoir la désinfection des postes chaque jour et à chaque changement d’utilisateur, ainsi que l’aération régulière des bureaux ;
Le cas échéant, encourager à la vaccination (diffusion d’informations, possibilité de se faire vacciner par le service de santé au travail, autorisation de s’absenter durant les heures de travail...).

Le port du masque en entreprise

Lors d’une crise sanitaire grave, le port du masque peut être déclaré obligatoire dans tous les espaces clos et partagés (open spaces, salles de réunion, couloirs, restaurants d’entreprise…), mais aussi lors des déplacements professionnels à plusieurs, en voiture ou en train par exemple. C’est notamment ce qu’il s’est passé lors de la pandémie de Covid-19, et ce, que les salariés soient vaccinés ou non.

En tant qu’employeur, c’est à vous de fournir les masques à vos salariés en quantité suffisante. Veillez en particulier à mettre à disposition des masques chirurgicaux aux personnes vulnérables (personnes ayant des antécédents cardiovasculaires, un diabète non équilibré, en obésité, femmes au 3^e trimestre de leur grossesse…).

Attention

Lorsque vos salariés sont exposés à des risques spécifiques (poussières, émanation de gaz ou de substances chimiques…), ils doivent continuer à porter, en priorité, leurs équipements de protection habituels.

D’un point de vue légal, vous devez rédiger une note de service pour informer vos salariés des règles liées au port du masque, ses exceptions, et être intégrée au règlement intérieur. Elle doit être affichée, communiquée, et transmise au CSE si nécessaire.

N’hésitez pas à faire preuve de pédagogie auprès de vos salariés, en rappelant régulièrement les règles du port du masque, vous pouvez par exemple :

Disposer des affiches un peu partout dans vos locaux ;
Envoyer régulièrement des mails pour rappeler les conditions d’utilisation pour une protection optimale.

Que faire si un salarié refuse de porter le masque ?

Vous devez tout d’abord vous assurer qu’il n’y a pas une raison légitime à sa démarche, comme un motif médical. Si ce n’est pas le cas, vous devez lui rappeler les règles, en le renvoyant par exemple à votre note de service. S’il persiste à ne pas porter le masque dans l’entreprise, vous pouvez le sanctionner. Mais attention : la sanction doit être proportionnée à la faute commise, selon qu’il s’agit d’une première fois ou d’une récidive.

Le dépistage en entreprise

En cas de crise sanitaire, certaines actions de dépistage peuvent être mises en place pour limiter les risques de propagation :

Prise de température : autorisée mais non obligatoire. Attention toutefois, aucun relevé ne doit être conservé, et l’usage de caméras thermiques est interdit ;
Tests antigéniques : proposés aux salariés symptomatiques ou cas contacts, réalisés par un professionnel de santé. Des autotests peuvent également être mis à disposition. Les tests sérologiques sont quant à eux interdits ;
Campagnes de dépistage collectif : envisageables en cas de cluster ou de forte circulation du virus. Elles doivent être déclarées au moins 2 jours ouvrés avant leur lancement, sauf en cas de cluster (démarrage possible dès réception de la déclaration).

Les coûts de ces actions de dépistage (approvisionnement en test, intervention des professionnels de santé…) sont à votre charge. Aucune participation financière ne peut être demandée aux salariés.

N’hésitez pas à contacter l’agence régionale de santé (ARS) de votre département si vous avez besoin d’aide pour mettre en place une opération de dépistage dans votre entreprise. Vous trouverez également des informations utiles sur le site du ministère du Travail.

Un dépistage autorisé mais non obligatoire

Le dépistage reste facultatif. Salariés et visiteurs peuvent refuser la prise de température ou les tests, sans risque de sanction. Les résultats, couverts par le secret médical, ne sont pas communiqués à l’employeur. Il est interdit de recenser les salariés dépistés.

La prévention des risques psychosociaux au travail

Selon une étude de 2021⁽³⁾, la crise sanitaire de la Covid-19 est à l’origine d’une dégradation de la santé mentale des Français en milieu professionnel. La prévention des risques psychosociaux (RPS) au travail est donc plus que jamais primordiale en période de crise sanitaire, puis de retour au bureau (s’il y a eu confinement). Voici quelques conseils pour favoriser le bien-être de vos salariés :

Encourager l’écoute et le dialogue : organisez des échanges réguliers (individuels et collectifs) pour recueillir le ressenti des salariés et accompagner ceux en difficulté. Une boîte à idées peut aussi favoriser l’implication. Si nécessaire, adaptez les conditions de retour au bureau en lien avec le médecin du travail ;
Informer et rassurer : communiquez clairement sur les mesures sanitaires mises en place (ex. : port du masque), via un livret d’information accessible à tous ;
Partager en toute transparence : sur la situation économique de l’entreprise et les actions prévues pour accompagner la reprise ;
Reconnaître les efforts et apaiser les tensions : valorisez l’engagement des salariés pendant la crise. Intégrez les contraintes sanitaires dans les processus de travail pour qu’elles soient perçues comme des ajustements, et non comme des obstacles. Par exemple, si un sens de circulation rallonge les trajets, tenez-en compte dans les plannings. Pensez aussi à informer vos clients des règles sanitaires pour éviter que vos salariés aient à gérer seuls les incivilités.

Bon à savoir

L’agence nationale pour l’amélioration des conditions de travail (Anact) vous accompagne dans la prévention des risques psychosociaux au travail. Sur son site internet, vous trouverez différentes ressources (fiches pratiques, webinaires, livres blancs…) pour vous aider à améliorer la qualité de vie au travail de vos salariés.

La réflexion collective sur la nouvelle organisation du travail

Les crises sanitaires, comme celle de la Covid-19, sont l’occasion de repenser l’organisation du travail. Télétravail, présentiel, hybride, coworking, flex office… les possibilités sont nombreuses.

L’erreur à ne pas commettre ? Penser que tout va reprendre comme avant la crise. Pour éviter cet écueil, plusieurs actions sont envisageables :

Sonder les équipes pour définir ensemble les modalités de travail (lieu, horaires, rythme) ;
Faire preuve de souplesse : adapter le ratio télétravail/présentiel, proposer des horaires aménagés ou des absences ponctuelles ;
Redonner envie de revenir : en proposant des avantages comme le financement des trajets (vélo, covoiturage), des activités extra-professionnelles ou du matériel neuf.

Un tiers des salariés…

Souhaitent continuer ou commencer à télétravailler. À savoir qu’entre 2019 et 2023, la part des personnes salariées pratiquant le télétravail au moins occasionnellement est passé de 9 % à 26 %⁽⁴⁾.

Le réenchantement du travail

Pour certains salariés, le travail à distance en période de crise sanitaire peut causer une rupture avec l’entreprise, voire avec leurs collègues. Lors du retour, il est essentiel de redonner du sens aux missions et de renforcer la culture d’entreprise pour éviter le désengagement.

Voici quelques leviers :

Rappeler les objectifs et le rôle de chacun, pour valoriser leur contribution ;
Favoriser les interactions : projets transverses, conférences, pauses partagées… ;
Organiser des activités conviviales (dans le respect des gestes barrières) : petits déjeuners, jeux, etc ;
Exprimer sa reconnaissance : remerciements ou récompenses, individuels ou collectifs.

Ces actions peuvent également servir de levier d’attractivité pour donner envie à de nouveaux salariés de rejoindre votre entreprise, si vous rencontrez des difficultés pour recruter par exemple.

^{Sources :

(1) Insee – décembre 2021 - « L’impact de la crise sanitaire sur l’organisation et l’activité des sociétés »

(2) Insee - décembre 2021 - « En 2020, l’emploi a baissé de façon inédite depuis 2009 »,

(3) Santé Publique France - mars 2020 - Enquête CoviPrev

(4) Ministère du travail - novembre 2024 - DARES, Analyses n°64, « Comment évolue la pratique du télétravail depuis la crise sanitaire ? »}

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