Page mise à jour le 17/04/2025

Contrôle MSA : comment bien vous préparer ?

Le contrôle MSA (Mutualité Sociale Agricole) est une démarche essentielle dans le secteur agricole. Il vise à garantir la bonne application de la réglementation sociale, tout en offrant aux professionnels une source précieuse d’information. La MSA réalise ainsi des contrôles réguliers, permettant aux acteurs du domaine de mieux comprendre leurs obligations et d’assurer leur conformité. Voici les éléments clés à connaître pour aborder cette procédure sereinement.

Les contrôles MSA permettent de vérifier la bonne application de la réglementation sociale, mais aussi d’informer les employeurs, chefs d’entreprise ou chefs d’exploitation agricole pour prévenir les erreurs.

Qui est concerné par les contrôles MSA ?

Employeur, chef d’entreprise, chef d’exploitation… Si vous êtes un professionnel agricole et que vous déclarez des éléments destinés au calcul des cotisations sociales, vous pouvez faire l’objet d’un contrôle de la part de la MSA.

Depuis le 14 avril 2023, vous êtes prévenu au moins 30 jours à l'avance par un avis de passage qui fixe la date de visite de l’agent de contrôle MSA sur votre lieu d'exercice. Ce document vous précise par ailleurs les comptes concernés (compte employeur, individuel, ou les deux) ainsi que les périodes vérifiées.

Sachant qu’un contrôle inopiné peut également être réalisé par la MSA en cas d'opération de lutte contre le travail dissimulé.

Bilan 2022 des contrôles MSA contre la fraude et le travail illégal⁽¹⁾

Grâce aux efforts coordonnés des différents organismes de la MSA, un montant total de 34,7 millions d'euros lié à des fraudes, des erreurs et du travail dissimulé a été identifié. Ce résultat reflète la coopération efficace entre les équipes internes, attentives dans leurs démarches de détection et de signalement, ainsi que l'engagement des agents sur le terrain dans les opérations de contrôle.

Bon à savoir

Pour les exploitations de moins de 20 salariés et non-salariés, le contrôle dure au maximum trois mois, à compter de la première intervention ou du début des vérifications administratives des pièces. Il se termine avec l'envoi des observations,

Il est bon de savoir que vous ne pouvez en aucun cas vous opposer à un contrôle MSA. Vous êtes dans l'obligation de recevoir le contrôleur sous peine de sanctions. En revanche, et c'est plus prudent, vous pouvez vous faire assister par votre comptable ou un autre conseil de votre choix.

À noter : le contrôleur MSA est un agent assermenté, tenu au secret professionnel.

En quoi consiste la procédure de contrôle MSA ?

L’agent de contrôle MSA peut s'intéresser aux éléments concernant l'année en cours ainsi que les trois exercices précédents. Au-delà, hormis pour les cas de fraude ou de travail dissimulé, les irrégularités seront considérées comme prescrites.
Plus précisément, le contrôleur MSA peut demander à étudier différentes informations :

Les assiettes de cotisations ;
Les avantages en nature ;
Les frais professionnels ;
Les aides et exonérations ;
Les conditions d'affiliation au régime agricole ;
Les déclarations des employeurs…

Quels documents préparer pour l’agent de contrôle MSA⁽²⁾ ?

Depuis 2023, vous devez remettre les copies numériques des données indispensables au contrôle, dans le format exigé. Il vous est offert la possibilité, dans un délai de quinze jours, de vous opposer par écrit à l'utilisation du matériel informatique de l'agent chargé du contrôle, sauf en cas de suspicion de travail dissimulé. En pareil cas, il vous revient d'exécuter vous-même les traitements requis sur votre propre équipement, afin de transmettre le fruit de ses démarches, à moins que vous ne préfériez déléguer ces opérations à l'agent compétent. Dans le cadre de la procédure de contrôle, l’agent MSA est en droit de vous demander toutes les pièces qu'il jugera nécessaire à la bonne tenue de son inspection.

En règle générale, voici les documents les plus fréquemment inspectés et qu’il est donc conseillé de rassembler en amont du contrôle :

Le registre du personnel ;
Le double des fiches de paie ;
Les contrats de travail ;
Les justificatifs des frais professionnels ;
Les bilans comptables de votre exploitation agricole ;
Les liasses fiscales et les avis d'imposition ;
Les statuts des sociétés.

Pendant le contrôle, montrez-vous collaboratif :

Fournissez les documents demandés ;
Laissez les salariés répondre librement aux questions du contrôleur MSA…

Le tout dans un cadre serein, apaisé et cordial. D'autant que l’agent de contrôle de la MSA a également vis-à-vis de vous un rôle de conseil et d’information concernant l’application de la règlementation.

Et après le contrôle effectué par la MSA ?

Une fois le contrôle MSA effectué, une lettre d’observations vous est adressée avec les différentes remarques faites par le contrôleur et les suites données à son inspection :

L'absence d'anomalies ;
Des anomalies n'entraînant pas de redressement ;
Des anomalies donnant lieu à une régularisation en votre faveur ;
Des anomalies donnant lieu à un redressement de cotisations. Dans ce cas-là, le document précise la nature et le mode de calcul de ce redressement ainsi que son montant.

Employeur, chef d’entreprise, chef d’exploitation, vous aurez alors 30 jours pour formuler vos retours et, si besoin, apporter des précisions à la MSA.

^{Sources

(1) La lutte contre la fraude, pour garantir les droits et veiller aux devoirs de chacun – MSA – mars 2023

(2) La charte du cotisant contrôlé – MSA – 2024}

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